Sind die ersten Missionen noch leicht und ausschließlich auf das Dorf bezogen, gilt es danach mit Sensei Kakashi ins richtige Ninjaleben einzutauchen. Natürlich ist Naruto auf dieser Reise nicht allein. Da sich das Spiel sehr an dem Anime orientiert, sind auch Sakura und Sasuke mit von der Partie. Die beiden haben jedoch bis auf einige Textpassagen keinen direkten Einfluss auf den Spielverlauf. Außerhalb des kleinen Ortes lauern nicht nur tödliche Fallen, sondern auch einige Banditen und abtrünnige Ninjas, die der kleinen Truppe an den Kragen wollen. In diesem Fall wechselt das Spiel vom Adventure- in den Beat 'em up-Modus, in dem endlich die erlernten Techniken angewendet werden können.
Sind die ersten Feinde besiegt worden und das Ziel der ersten Mission nahe, werden Schlüsselerlebnisse der Geschichte durch Ausschnitte der Animeserie dargestellt. Sieht man nun seinem ersten richtigen Bossfight ins Auge und geht auf die Bretter, muss man nicht gleich enttäuscht den Controller aus der Hand legen, sondern kann einen der gesammelten Memo-Clips von Naruto aktivieren. Diese gesammelten Erinnerungen können genutzt werden, um erneut gegen seinen Gegner anzutreten und so die letzten Lebenspunkte aus ihm heraus zu prügeln.
